Trong khoảng từ năm 1804-1810, vị Hòa Thượng Đạo Chơn-Quang Huy từ Phú Yên vào Bình Thuận, được dân làng cung thỉnh trụ trì tại chùa, ông đã cho đúc quả Đại Hồng Chung bằng đồng cao 1,5m vào năm Bính Tý 1812, hiện vẫn còn lưu giữ tại chùa. Sau khi Hòa Thượng Quang Huy viên tịch, Hòa Thượng Đạo Tín-Hải Chấn kế tục, ông là người không chỉ có công đầu trong truyền bá và giảng dạy khoa “Nghi ứng phú đạo tràng” (một hình thức nghi lễ tán tụng của Phật giáo) một cách qui mô ở Bình Thuận mà còn có công cải biên âm điệu tang đẩu (một loại hình âm nhạc nghi lễ Phật giáo) của Phú Yên thành âm điệu tang đẩu riêng của Bình Thuận. Đến năm 1855, chùa được trùng tu lần thứ nhất, xây gạch lợp ngói âm dương, có kiến trúc theo hình chữ “khẩu”, tiền Phật hậu Tổ, hai nhà nghỉ hai bên hành lang đông tây.

Trường tồn trong 264 năm cùng sự đi lên của Bình Thuận với 23 đời trụ trì và 3 lần trùng tu, đến nay Liên Trì Tự vẫn giữ được dáng nét của ngôi chùa cổ xưa, không chỉ là một cảnh trí đẹp trên địa bàn khu phố 6 phường Đức Nghĩa (số 3 Nguyễn Văn Cừ-Phan Thiết), giúp các ni sư phật tử vãn chùa có những phút thư giãn tịnh tâm, mà chùa Liên Trì còn là ngôi chùa cổ nổi tiếng ở Bình Thuận còn lưu giữ khá nhiều cổ vật của Phật Giáo như quả Đại Hồng Chung, một số tượng cổ của Phật A Di Đà, Phật Di Lặc, Bồ Tát Quán Thế Âm cùng các thánh hiền, đặc biệt là 3 pho tượng cổ Phật tam thân bằng đồng, một chuông gia trì đời Tự Đức, một bảo chứng, nhiều pháp khí cổ cùng một số liễn đối có giá trị khác. Ngày 17 tháng Mười Giáp Thân tới đây (nhằm ngày 28/11/2004), giới Phật giáo Bình Thuận sẽ trang trọng tổ chức lễ kỷ niệm 264 năm ngày dựng lập nên chùa Liên Trì.